ولدت السيدة فاطمة المعصومة (عليها السلام) في الأول من ذي القعدة عام 173هـ.ق. في المدينة المنورة. والدها الإمام موسى الكاظم (عليه السلام) ووالدتها السيدة نجمة خاتون. ولدت بعد ولادة الإمام الرضا (عليه السلام) ولقبت بـ"الطاهرة". وعلى هذا الأساس فالسيدة المعصومة (عليها السلام) أخت الإمام الرضا (عليه السلام) من الأبوين. نُقل الإمام الرضا (عليه السلام) عام 201هـ.ق بالاجبار إلى خراسان حاولت اللحاق به بعد سنة حيث تحملت مشقات البعد عن أخيها.

وبما أن السيدة المعصومة (عليها السلام) حاملة علوم ومعارف أهل البيت (عليهم السلام) والمدافعة عن المظلومين الشيعة والعاملة على استمرار نهج أبيها في مواجهة الطواغيت، فقد هاجم جنود بني العباس القافلة التي تقلها في مدينة "ساوه" فاستشهد من كان برفقتها. ويعتقد السيد جعفر مرتضى العاملي أن جنود بني العباس قد دسوا لها السم في ساوه على كل الأحوال مرضت السيدة فاطمة المعصومة على اثر السم وطلبت نقلها إلى مدينة قم لأنها كما سمعت عن أبيها فإن قم محل شيعتنا . وعلى هذا الأساس دخلت السيدة المعصومة (عليها السلام) قم في 23 من ربيع الأول عام 201هـ.ق فاستقبلها الكثير من الناس المشتاقين لأهل البيت (عليهم السلام) وتوفيت بعد 17 يوماً قضتها في منزل موسى بن خزرج والذي عرف بـ"بيت النور" وكان ذلك في العاشر من ربيع الثاني عام 201هـ.ق ودفنت في "حديقة بابلان" التي هي الآن عبارة عن المزار.
 
لم تكن قم قبل دخول السيدة المعصومة، بلدة عامرة بالأخص وأنها كانت محل الممارسات الظالمة للحكام آنذاك. ولكن إذا نظرنا إليها من الناحية الدينية والاعتقادية فكانت أفضل مكان معنوي وأفضل أرضية لقبول فكر أهل بيت الرسول (صلى الله عليه وآله) وأصحابه الأوفيا. ومن هذا المنطلق أظهر الأئمة الأطهار (عليهم السلام) اهتماماً خاصة بالمدينة وأهلها وتحدثوا بعبارات جميلة تبين مقدار علاقتهم وارتباطهم بها. وقيل أن الأئمة (عليهم السلام) كانوا يشرفون قم وأهلها بالهدايا والتحف التي كانوا يرسلونها